Itt néhány javaslatunk következik arra vonatkozóan, hogy hogyan állítsuk be jól a könyvtárakat. Ha egy olyan rendszeren dolgozunk, ami a felhasználói könyvtárakat egy szerverről vagy NFS-en keresztül csatolja saját fájlrendszeréhez és/vagy csak egy fix nagyságú merevlemezterület van számunkra engedélyezve, ajánlatos ha a swap könyvtárat mondjuk a /tmp-re állítjuk, mivel a lapozófájl elég nagy is lehet és előfordulhat, hogy nem marad elég hely a képek lementésére sem. Egy másik ok az, hogy ha képadatokat küldünk swap-fájlból swap-fájlba az Interneten, a GIMP szörnyen le fog lassulni, mivel meg kell várnia a hálózati forgalom megszűnését, hogy újra munkába állhasson.
A Temp könyvtárral más a helyzet. A benne található fájlok nagyrésze a GIMP-ből való kilépéssel eltűnik, de egy kisebb részük ott marad (mint például a használt paletták). Tehát szükségünk lehet egy olyan ideiglenes könyvtárra, amit a többi felhasználó nem lát és nem törlődik, ha a gépet újraindítjuk. A /usr/tmp vagy a /var/tmp könyvtárak pont megfelelnek erre a célra. Készítsünk el egy könyvtárat a mkdir /usr/tmp/<a_felhasználói_nevünk> paranccsal és ezt állítsuk be Temp könyvtárnak. A többi ecset, színátmenet, paletta, minta és plug-in könyvtár maradhat ott ahol van, vagy állítsuk úgy, hogy megfeleljenek az igényeinkek, de ha megváltoztatnánk őket, másoljuk át a tartalmukat is, mert ha enélkül indítjuk el a GIMP-et, akkor az is előfordulhat, hogy egyetlenegy plug-in sem lesz használható.